In de periode van de Franse revolutie was het nieuwe beleid het abdijleven ongunstig gezind. In die mate zelfs dat het voortbestaan van vele kloosters erdoor bedreigd werd. Het zag er aan het eind van de 19de eeuw naar uit dat dit werkelijkheid zou worden voor het Noord-Franse Trappistenklooster van Mont Des Cats (Katsberg). Daarom zond de abt één van zijn monniken uit om een toevluchtsoord te vinden in het buitenland. Dit vond men in Tilburg, waar in 1881 de abdij Koningshoeven werd gesticht. De abdij bloeide snel op en al gauw dacht men om nog meer kloosters in Nederland te stichten die zouden kunnen dienen als toevluchtsoord voor met uitwijzing bedreigde monniken.

Een gelegenheid om een nieuw klooster te stichten ontstond toen in 1897 de Zundertse mejuffrouw Anna Catharina van Dongen een perceel grond schonk aan de abt van Koningshoeven. De toenmalige abt, Dom Willibrord Verbruggen, besloot om op dit perceel een klooster op te richten. Omdat het als toevluchtsoord voor Franse monniken bedoeld was, kreeg het nieuwe project de naam ‘Maria Toevlucht’.
In de herfst van 1899 vertrokken uit Tilburg twee monniken – pater Nivardus Muis en broeder Dorotheüs de Vries – naar Zundert. De pachtboer van het boerderijtje ‘de kievit’, Bart Nouws, zorgde voor tijdelijk onderdak. Ze werden gevolgd door meer broeders van Koningshoeven.
Er werd begonnen met de bouw van het eerste klooster, op de plaats waar nu het huidige gastenkwartier staat. Op 24 mei 1900, Hemelvaartsdag, wijdde de abt van Tilburg de kapel in. En met twaalf monniken, onder leiding van pater Nivardus Muis, begon Maria Toevlucht officieel als klooster te functioneren.

Op 22 juni 1909 kregen de broeders bericht dat ze hun klooster onmiddellijk moesten verlaten. De abt van Tilburg was in zo’n financiële problemen terecht gekomen, dat ernstig gedacht werd aan de verkoop van alle goederen, inclusief die van Zundert, om een hypotheekschuld af te lossen. De broeders van Maria Toevlucht vertrokken met paard en kar naar de Trappistenabdij van Westmalle, waar zij door abt Ferdinand en zijn communiteit hartelijk opgenomen werden.
Intussen zochten de hogere oversten van de orde naar een oplossing. Ze werden daarbij aangemoedigd door mevrouw Maria Ullens de Schooten. Want als het klooster bleef bestaan, dan zou zij een grote som geld schenken om in Maria Toevlucht een kerk te bouwen. Tenslotte kwam er een regeling: dom Willibrord van Koningshoeven trad af en werd opgevolgd door dom Simon Dubuisson. De broeders van Zundert konden terug naar hun klooster en zo bleef hun stichting behouden.

Na terugkomst begonnen de broeders met bouwwerkzaamheden. Eerst startten ze dankzij de schenking van mevrouw Ullens de Schooten met het bouwen van de kerk. Ze hielden het voorlopig alleen bij het schip van de kerk. Van het zo uitgespaarde geld werden kort daarop achter het klooster werkplaatsen gebouwd: een bakkerij, wasserij en smederij. Tegenover de werkplaatsen kwam er een grote opslagschuur. En tot slot werd de kapittelvleugel van het klooster opgetrokken. Zo ontstond een ruimere behuizing. Dankzij een extra schenking van mevrouw Ullens de Schooten kon de kerk worden voltooid met het altaargedeelte en de kapellen daaromheen.

Op 14 september 1938 werd de priorij van Zundert tot abdij verheven. En op 19 oktober van hetzelfde jaar werd pater Nivardus Muis door de broeders tot eerste abt van Maria Toevlucht gekozen. Dom Nivardus overleed in 1942 op 67-jarige leeftijd.

In 1943 werd broeder Alphonsus van Kalken abt gekozen. Onder zijn bestuur werd het 50-jarig bestaan van het klooster groots gevierd. Bij die gelegenheid werd in de kerk een orgel gebouwd. In 1950 bereikte de abdijgemeenschap ook zijn grootste omvang: er waren toen gedurende een korte periode 80 monniken aanwezig. Dom Alphonsus trad af in 1958, hij was dan 76 jaar.

In 1958 werd broeder Emmanuel Schuurmans tot derde abt van Zundert gekozen. De nieuwe abt had vele ideeën over modernisering. Zo werd het interieur van de kerk volledig verbouwd, maar ook de rest van het klooster werd in grijze stuc gezet. Een andere belangrijke vernieuwing was dat de lekenbroeders, die vooral op het land werkten, meer en meer gelijk gesteld werden met de koormonniken, die zich toelegden op studie en koorgebed.
In de jaren 1960 werd ook de liturgie vernieuwd en werd er langzaam overgeschakeld van Latijn naar Nederlands. Een belangrijke stimulans hierbij waren de activiteiten van de Intermonasteriële Werkgroep Voor Liturgie (IWVL).
In dezelfde tijd waren Ida Gerhardt en Marie van der Zeyde begonnen aan een vertaling van de psalmen. De vertaalde teksten werden op muziek gezet en in 1975 werd deze psalmvertaling in gebruik genomen.

Vanaf de jaren 1970 werden in de abdij de eerste zenmeditaties gehouden. Deze meditatievorm werd naar de abdij gebracht door Dom Jeroen Witkam, de vierde abt ondertussen. Hij was in meditatie geïnteresseerd geraakt, ook doordat hij in zijn studietijd in Rome met yoga had kennisgemaakt. De zenmeditatie werd een onderdeel van het abdijleven voor een aantal broeders en in de loop der jaren ook voor vele gasten.
Midden de jaren zeventig werd een geheel nieuw vertrek aan de punt van het oude klooster gebouwd. Iedere broeder kreeg een eigen kamer, om daar de nodige stilte en eenzaamheid te kunnen beleven.

De jaren tachtig waren eerder rustige jaren. Er waren wel wat intredingen, maar de meeste jonge monniken verlieten het klooster. Even leek het dat de communiteit van Maria Toevlucht geen toekomst meer zou krijgen. Begin jaren negentig keerde het tij. Sindsdien zijn 16 jonge mannen ingetreden, waarvan een aantal gebleven zijn. In 1998 besloten de broeders om te stoppen met de intensieve melkveehouderij en gingen ze over naar een ecologisch vleesveebedrijf.

Een jaar voor dom Wiro Fagel in 2001 tot vijfde abt werd gekozen, maakte de gemeenschap plannen om het gastenhuis en poortgebouw volledig te vernieuwen en de bestaande gebouwen grondig te renoveren. De werken gingen in 2002 van start. Er verrezen een splinternieuw gastenhuis en poortgebouw. Alle overige woongebouwen en de kerk werden gerenoveerd. In 2005 was de renovatie voltooid. Een periode van grote bouwdrukte was voorbij, de rust en de stilte keerden terug.

In 2007 werd dom Daniël Hombergen tot zesde abt gekozen. Het vleesveebedrijf op de boerderij werd beëindigd. En uiteindelijk werd eind 2011 de zorg voor de landerijen voor lange tijd toevertrouwd aan Natuurmonumenten. De landerijen kregen bij deze gelegenheid opnieuw de historische naam Kievitsmoeren.
Tegelijkertijd werd besloten een huisbrouwerij te beginnen: trappistenbrouwerij De Kievit. Na uitgebreide voorbereidingen zijn deze plannen tussen oktober 2012 en oktober 2013 gerealiseerd. Deze brouwerij is gebouwd binnen de bestaande contouren van de voormalige boerderijgebouwen. In deze gebouwen zijn ook de werkplaatsen ondergebracht. In december 2013 kwam het trappistenbier ‘Zundert Trappist’ op de markt. Na vijf jaar bestaan kreeg de ‘Zundert Trappist’ die vooraan ‘Zundert 8’ heet, een nieuw broertje: de zware en donkere ‘Zundert 10’ die meteen een gouden medaille bij de Dutch Beer Challenge 2019 haalde.

Zoals vele andere communiteiten is ook Maria Toevlucht een kleiner wordende gemeenschap. Dit vraagt veel creativiteit in vorm van vernieuwing en aanpassing, maar is tegelijk een bron van nieuwe energie en dynamiek. In 2017 werd Guido Van Belle tot overste benoemd en in 2020 door de gemeenschap tot zevende abt van Maria Toevlucht gekozen. Daarmee zet de gemeenschap een bemoedigend teken om de uitdagingen van de toekomst met moed en vertrouwen tegemoet te gaan.